Patronem klubu jest Janusz Kusociński (ur. 15 stycznia 1907 roku w Warszawie), najwybitniejszy lekkoatleta Polski międzywojennej, rekordzista świata, Mistrz Olimpijski z Los Angeles w 1932 roku w biegu na 10000 m, Wielki Sportowiec i Patriota, Żołnierz Września 1939 roku, odznaczony Krzyżem Walecznych w Obronie Warszawy, rozstrzelany przez hitlerowców podczas masowej egzekucji w Palmirach, 21 czerwca 1940 roku.
Nazwa klubu wywodzi się od Jego sportowego pseudonimu „Kusy”.
Międzyszkolny Klub Sportowy „KUSY” powstał w 1958 roku. W latach 1958-1977 MKS „KUSY” był klubem dwusekcyjnym, działającym przy Szkolnym Związku Sportowym. Utalentowana sportowo młodzież trenowała w klubie piłkę ręczną i gimnastykę sportową.
W 1978 roku dołączyła sekcja siatkówki dziewcząt i wraz z nią, decyzją władz oświatowych i Zarządu Wojewódzkiego Szkolnego Związku Sportowego, klub został przejęty przez Międzyszkolny Ośrodek Sportowy.
W następnych latach powstawały w klubie kolejne sekcje: lekkoatletyki, koszykówki, badmintona, trójboju nowoczesnego, tenisa stołowego, szachów, szermierki i gimnastyki artystycznej; niektóre sekcje, z różnych przyczyn, zaprzestały działalności.
1 kwietnia 1992 roku MKS „KUSY” został wpisany do Rejestru stowarzyszeń kultury fizycznej Wydziału Spraw Społecznych Urzędu Wojewódzkiego w Szczecinie i uzyskał osobowość prawną Od tego czasu klub prowadzi działalność, zgodnie z własnym statutem, jako samodzielna jednostka organizacyjna.
W styczniu 1999 r., po przejęciu placówek oświatowych przez Gminę Miasto Szczecin,
klub został wpisany do ewidencji Uczniowskich Klubów Sportowych prowadzonej przez Miasto Szczecin.
Klub od wielu lat uczestniczy w Ogólnopolskim Programie Szkolenia i Współzawodnictwa Dzieci i Młodzieży Uzdolnionej Sportowo.
Ze względu na ilość sekcji, liczbę zawodników oraz osiągane wyniki sportowe MKS „KUSY” zaliczany jest do największych i najsilniejszych młodzieżowych klubów sportowych w Polsce. Od 2005 roku jest nieprzerwanie liderem wśród klubów województwa zachodniopomorskiego.
